Nom : Coclet
Prénom : Clément
Adresse mail : clement.coclet@univ-tln.fr
Titre de la thèse : Impacts de la contamination en éléments traces métalliques sur les communautés microbiennes dans un environnement fortement anthropisé : la rade de Toulon.
Date de soutenance prévue : Juin 2019
Équipe d’accueil : MIO et MAPIEM (Université de Toulon)
Encadrants : Cédric Garnier (MIO), Benjamin Misson (MIO) et Jean-François Briand (MAPIEM)
Résumé de la thèse
La rade de Toulon est un écosystème côtier présentant des caractéristiques particulières: un système semi-fermé, une multicontamination chimique sédimentaire historique, des activités aquacoles, industrielles, et de plaisance, des apports de rivières ou d’émissaires urbains et la plus grande base navale de France. ce travail de thèse s’articule autour de 3 axes de recherches: (i) l’étude des variations spatio-temporelles d’abondance, de diversité, de structure et de fonction des communautés microbiennes de deux compartiments (eau et biofilm), en fonction des gradients de contamination en éléments traces métalliques de la rade de Toulon; (ii) l’étude de l’impact spécifique de certains métaux ou d’un cocktail métallique potentiellement toxiques, sur les communautés microbiennes; (iii) et l’analyse de l’impact d’une contamination métallique (i.e., Cu) sur les communautés microbiennes en fonction de leur passif d’exposition dans la rade de Toulon. Afin de répondre aux objectifs principaux de cette thèse, un couplage entre des approches de terrain (campagne en mer, expérimentation on field) et expérimentales ont été mises en œuvre. Plusieurs outils de mesure ont été utilisé, faisant appel à des approches de biologie moléculaire (séquençage ADN/ARN, qPCR), d’optique (cytométrie en flux, microscopie confocale) mais aussi des approches de chimie analytique (mesure des concentrations en métaux par voltamétrie et ICP, des nutriments par colorimétrie et TOC-mètre).
Mots-clés
– Écologie microbienne
– Éléments traces métalliques
– Bioinformatique
– Bactérioplancton
– Biofilm
Publications associées à la thèse
– Coclet, C., Garnier, C., Delpy, F., Jamet, D., Durrieu, G., Le Poupon, C., et al. (2018) Trace metal contamination as a toxic and structuring factor impacting ultraphytoplankton communities in a multicontaminated Mediterranean coastal area. Prog. Oceanogr. 163: 196–213. DOI: 10.1016/j.pocean.2017.06.006
– Coclet, C., Garnier, C., Durrieu, G., Omanovic, D., D’Onofrio, S., Le Poupon, C., et al. (2019) Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area. Front. Microbiol. 10: 1–14. DOI : 10.3389/fmicb.2019.00257