Nathalie Coquillé

Nom : Coquillé

Prénom : Nathalie

Adresse mail : nathalie.coquille@irstea.fr

 

Titre de la thèse : Influence de la qualité de la matière organique dissoute (MOD) sur la toxicité des pesticides vis-à-vis des micro-algues le long d’un continuum eau douce-eau marine.

 

Année de soutenance prévue : 2016

 

Équipe d’accueil :

– LPTC (UMR EPOC/ Université de Bordeaux 1)

– CARMA (UR EABX/IRSTEA Bordeaux)

– Laboratoire d’écotoxicologie (UR BE/IFREMER Nantes)

 

Encadrants :

– Edith PARLANTI (EPOC)

– Soizic MORIN (IRSTEA)

– Sabine STACHOWSKI-HABERKORN (IFREMER Nantes)

 

Résumé de la thèse

Les micro-algues jouent un rôle fondamental dans les écosystèmes aquatiques : elles sont à la base des réseaux trophiques en raison de leur statut de producteur primaire. Au sein des écosystèmes aquatiques continentaux et littoraux, elles peuvent être directement impactées par le transfert de matière, notamment chimique (contaminants, matière organique, nutriments), en provenance des écosystèmes terrestres. Ce projet de thèse a pour but de : (i) déterminer les variations saisonnières de la composition et des propriétés de la matière organique dissoute (MOD) issue de deux sites : un site dulçaquicole (La Leyre, tributaire du bassin d’Arcachon) et un site marin (au sein du Bassin d’Arcachon) ; (ii) améliorer la compréhension des mécanismes d’interactions entre la MOD colloïdale et les pesticides (en prenant compte l’influence de la spéciation et de la photodégradation) ; et (iii) déterminer les impacts de la MOD sur la toxicité et la biodisponibilité de pesticides sur deux espèces de micro-algues d’eau douce et deux espèces de micro-algues marines.

 

Mots-clés

– Micro-algues

– Matière organique dissoute

– Pesticides

– Interactions

– Toxicité

 

Publications associées à la thèse

– Coquillé, N, Jan, G, Moreira, A, Morin, S, 2015. Use of diatom motility features as endpoints of metolachlor toxicity. Aquat Toxicol, 158, 202-210.

Chen Yan

Nom : Yan
Prénom : Chen
Adresse mail : yanchen07250804@hotmail.com

Titre de la thèse : Effets des antibiotiques sur les processus biogéochimiques et développement de l’antibiorésistance

Date de soutenance : 11/12/2012

Équipe d’accueil :
UMR 7619 METIS (ex-SISYPHE)
Encadrant(s) :
Josette GARNIER et Anniet LAVERMAN

Résumé de la thèse
Les antibiotiques sont souvent partiellement métabolisés dans l’organisme et peuvent être rejetées dans l’environnement. Cette étude visait à examiner l’effet des antibiotiques sur le cycle de l’azote à la fois sur les processus (nitrification et dénitrification) et les communautés bactériennes associées. Ceci a été exploré en milieu naturel comme des sédiments de rivières pour la dénitrification et exploité pour la nitrification (biofilms de station d’épuration des eaux usées). Les résultats obtenus montrent que les antibiotiques étudiés ne modifient pas significativement l’activité de dénitrification et nitrification à concentrations environnementales (ng-µg L-1). A concentrations thérapeutiques (mg L-1), la dénitrification peut être inhibé par certains antibiotiques seulement. La structure des communautés bactériennes sont affectées par une exposition aux antibiotiques tant aux concentrations environnementales que thérapeutiques. Une adaptation de la communauté dénitrifiante en faveur d’espèces résistantes aux antibiotiques a été montrée. Une faible capacité d’adsorption du sulfaméthoxazole dans les biofilms et une disparition de ce composé dans les sédiments ont été observées alors que la fluméquine et la tétracycline s’adsorbent fortement sur les sédiments et les biofilms respectivement.

Mots-clés
– Antibiotique
– Dénitrification
– Nitrification
– Antibiorésistance
– Sédiment

Publications associées à la thèse
– C. Yan, Q. T Dinh, M. Chevreuil, J. Garnier, C. Roose-Amsaleg, P. Labadie, A. M. Laverman (2013). The effect of environmental and therapeutic antibiotics on nitrate reduction rates in sediment. Water Research 47, 3654-3662.
– C. Roose-Amsaleg, C. Yan, AM. Hoang, A. M. Laverman (2013). Chronic exposure of river sediments to environmentally relevant levels of tetracycline affects bacterial communities but not denitrification rates. Ecotoxicology 22 (10), 1467-1478.

Anne-Sophie Lambert

Nom : LAMBERT

Prénom : Anne-Sophie

Adresse mail : annesophielamber@orange.fr

 

Titre de la thèse : Influence d’une hausse de température sur la réponse de biofilms microbiens au cuivre.

 

Date de soutenance : 27 novembre 2015

Équipe d’accueil : Écologie Microbienne des Hydrosystèmes Anthropisés (EMHA), UR MAEP, Irstea Lyon-Villeurbanne

Encadrants : Marina Coquery, Stéphane Pesce, Aymeric Dabrin

 

Résumé de la thèse

Les petits cours d’eau sont très vulnérables aux pollutions chimiques, qu’elles soient d’origine agricole ou urbaine. Ils peuvent notamment être fortement exposés aux polluants métalliques comme le cuivre. Dans ces milieux, la majorité de l’activité microbienne est assurée par les communautés fixées à des supports immergés (biofilms), qui interviennent dans des processus écologiques majeurs tels que la photosynthèse et la dégradation de la matière organique. Ces communautés interagissent précocement avec les substances dissoutes, dont les métaux, et présentent une forte capacité à répondre rapidement aux changements environnementaux et à s’y adapter de manière transitoire ou irréversible. Ils offrent donc un potentiel important pour évaluer l’impact écologique des polluants en milieu aquatique. De nombreux travaux ont mis en évidence les effets d’une exposition chronique au cuivre sur des biofilms microbiens, tant au niveau structurel que fonctionnel, soulignant le risque éco(toxico)logique d’une telle pollution dans les cours d’eau. Or, la pollution des eaux de surface s’inscrit dans un contexte de changement global et les milieux aquatiques sont généralement soumis à des situations de multi-stress qui découlent de la multiplicité des pressions chimiques et/ou physiques. Parmi ces pressions, il est important de tenir compte de la hausse des températures provoquée par le changement climatique. Or, si les effets des contaminants métalliques sur les biofilms microbiens ont été bien étudiés, il existe un déficit de données concernant l’influence d’une hausse de températures sur l’impact de ces polluants sur ces communautés. Ainsi, l’objectif de cette thèse est d’étudier la réponse des communautés microbiennes aquatiques suite à une pression polluante métallique en cuivre dans un contexte de changement climatique, caractérisé par une augmentation de la température.

 

Mots-clés

– Biofilm

– Cuivre

– Température

– Multi-stress

– Biodisponibilité

 

Publications associées à la thèse

LAMBERT A.S., DABRIN A., MORIN S., GAHOU J., FOULQUIER A., COQUERY M., PESCE S. 2016

Temperature modulates the response of phototrophic periphyton to a chronic exposure to copper. Environmental Pollution 208, 821-829

LAMBERT A.S., PESCE S., FOULQUIER A., GAHOU J., COQUERY M., DABRIN A. 2014

Improved short-term toxicity test protocol to assess metal tolerance in phototrophic biofilms: Toward standardization of PICT approaches. Environmental Science and Pollution Research 22, 4037-4045

LAMBERT A.S., MORIN S., ARTIGAS J., VOLAT B., COQUERY M., NEYRA M., PESCE S. 2012

Structural and functional recovery of microbial biofilms after a decrease in copper exposure: Influence of the presence of pristine communities. Aquatic Toxicology 109, 118-126

 

Aude Gandon

Nom : Gandon

Prénom : Aude

Adresse mail : Aude.Gandon@irstea.fr

 

Titre de la thèse : Bioaccumulation des pesticides dans le biofilm et effets toxiques associés

 

Année de soutenance prévue : 2016

 

Équipe d’accueil : CARMA, UR EABX, Irstea Bordeaux

 

Encadrants :

Nicolas Mazzella

Soizic Morin

 

Résumé de la thèse

Le milieu aquatique est le réceptacle ultime de nombreux contaminants toxiques d’origine anthropique. Le développement d’indicateurs pertinents du risque toxique des pesticides dans le milieu aquatique et de la vulnérabilité de ces écosystèmes est nécessaire au pilotage des politiques publiques. Cette thèse vise à comprendre et modéliser l’accumulation des pesticides dans le compartiment modèle « biofilm », et à caractériser les effets de ces contaminants sur les organismes exposés, aux différents stades de l’accumulation. Le biofilm, et plus spécifiquement sa composante diatomée, est utilisée comme indicateur biologique dans le cadre de la mise en œuvre de la DCE car elle possède un fort potentiel pour le diagnostic des contaminants phytosanitaires.
Ce travail permettra de mieux comprendre la bioaccumulation des pesticides dans les biofilms périphytiques, et les effets toxiques qui peuvent y être associés.

 

Mots-clés

– Pesticides

– Biofilms

– Bioaccumulation

– Cinétiques

 

Publications associées à la thèse

François Keck

Nom : Keck

Prénom : François

Adresse mail : francois.keck@thonon.inra.fr

 

Titre de la thèse : Évaluation des liens entre phylogénie et traits écologiques, piste d’utilisation pour la bioindication des cours d’eau.

 

Année de soutenance prévue : 2016

 

Équipe d’accueil : INRA – UMR CARRTEL – Equipe RITOXE

Encadrants :

– Dr Alain FRANC, HDR, Directeur de Recherche INRA, UMR BioGeCo, Cestas, France

– Dr Agnès BOUCHEZ, Chargée de Recherche INRA, UMR CARRTEL, Thonon-Les-Bains, France

– Dr Frédéric RIMET, Ingénieur d’étude INRA, UMR CARRTEL, Thonon-Les-Bains, France

 

Résumé de la thèse

 

L’évaluation de la qualité environnementale est une question cruciale pour les écosystèmes aquatiques, et peut se faire a priori (modèles de prédiction) ou a posteriori (biomarqueurs ou bioindication). Les diatomées sont utilisées en routine pour répondre à ces questions en raison du fait que certains groupes sont sensibles et d’autres tolérants à la qualité du milieu et aux polluants. Cependant, la question de savoir ce qu’est un groupe approprié au biomonitoring reste ouverte. Le groupe pertinent se situe-t-il au niveau de l’espèce, du genre, un niveau taxonomique plus élevé ou faut-il envisager d’utiliser un mélange de niveaux taxonomiques ? Utiliser les liens phylogénétiques entre les espèces, reflets de leur histoire évolutive, permettrait-il d’améliorer l’évaluation de leur polluo-sensibilité ? Les objectifs principaux de cette thèse seront 1/ d’évaluer les liens potentiels entre phylogénie et traits écologiques chez les diatomées. 2/ D’évaluer la variabilité de ce lien au niveau intraspécifique afin de mieux comprendre la fiabilité du lien mis en évidence précédemment. 3/ Mettre en œuvre des méthodes statistiques appropriées pour détecter ce signal, identifier les niveaux taxonomiques impliqués dans ce signal et travailler sur plusieurs traits en approche multivariée.

 

Mots-clés

– Phylogénie

– Traits écologiques

– Phytobenthos

– Bioindication

 

Publications associées à la thèse