Nom : Boukerb
Prénom : Amine Mohamed
Adresse mail : amine.boukerb@gmail.com
Titre de la thèse : Sources, diversité et propriétés d’adhésion des Pseudomonas aeruginosa introduits en rivière péri-urbaine par temps de pluie
Date de soutenance prévue : Décembre 2015
Équipe d’accueil : Laboratoire d’Écologie Microbienne (Université Claude Bernard Lyon 1)
Encadrant(s) : Benoit Cournoyer et Claire Prigent-Combaret
Résumé de la thèse
Les rejets urbains par temps de pluie dégradent l’état écologique des écosystèmes aquatiques et peuvent induire une exposition des populations humaines aux contaminants chimiques et microbiens (bactéries, virus, parasites). L’objectif de ce travail de thèse était d’évaluer les effectifs et de prédire le devenir de bactéries pathogènes introduites dans les milieux aquatiques par une source majeure comme les eaux usées rejetées par des dispositifs tels que les déversoirs d’orage (DO) et les lagunes d’épuration. La répartition d’un agent pathogène fortement liée aux milieux hydriques, Pseudomonas aeruginosa, a été comparée avec celles observées pour des indicateurs de contaminations fécales (E. coli et les entérocoques intestinaux), mais également avec celle de l’espèce pathogène Aeromonas caviae. La dangerosité des formes retrouvées dans ces milieux a été évaluée par approches moléculaires (PFGE et MLST). Les résultats obtenus montrent un fort apport en P. aeruginosa via les eaux usées, avec un effet significatif sur les effectifs observés en fonction de l’intensité des pluies et des périodes de temps sec, et les fluctuations du régime hydrologique et des paramètres physico-chimiques. Une grande diversité infra-spécifique et la capacité de certains génotypes à s’installer durablement dans ces milieux (macrophytes et périphyton) ont été observées.
Mots-clés
– Biofilm
– Dynamique spatio-temporelle
– Sédiment
– Microorganismes
– Eaux usées
Publications associées à la thèse
– Petit SM, Lavenir R, Colinon-Dupuich C, Boukerb AM, Cholley P, Bertrand X, Freney J, Doléans-Jordheim A, Nazaret S, Laurent F, Cournoyer B. 2013. Lagooning of wastewaters favors dissemination of clinically relevant Pseudomonas aeruginosa. Research in Microbiology, 164:856-66
– Amine M. Boukerb, Audric Rousset, Nicolas Galanos, Jean-Baptiste Méar, Emilie Gillon, Samy Cecioni, Claire Abderrahmen, Karine Faure, David Redelberger, Eric Kipnis, Rodrigue Dessein, Susan E. Matthews, Sophie de Bentzmann, Benoit Guéry, Benoit Cournoyer, Anne Imberty, Stéphane Havet, Benoit Darblade and Sébastien Vidal. Anti-adhesive properties of glycoclusters against Pseudomonas aeruginosa lung infection. 2014. Journal of Medicinal Chemistry, 57(24): 10275-89
– Amine M. Boukerb, Romain Marti, Benoit Cournoyer. Genome Sequences of Three Strains of the Pseudomonas aeruginosa PA7 Clade. Accepté dans Journal of Genome Announcements